Tipo: galeón de tres palos
Botadura: hacia 1576
Eslora: 39,70m (desde el bauprés)
Manga: 9,65 m
Calado: 4,90
Desplazamiento: 970 t.
Armamento: primera batería: 18 culebrinas de 18 libras; segunda batería: 190 mediasculebrinas de 9 libras; 4 culebrinas de caza; 16 piezas menores
Tripulación: 119 hombres y 70 soldados.

Después de la batalla de Gravelinas (29―07―1588) entre Calais y Dunkerque, la Armada Invencible quedó ya diezmada. El almirante español, temiendo la amenaza inglesa al sur del canal de la Mancha, decidió intentar la fuga hacia el Norte, bordeando Inglaterra e Irlanda, para regresar, con lo que quedaba de sus galeones, a las costas portuguesas. El San Juan formaba parte del grupo de barcos supervivientes, que el día 30 se dispuso a afrontar la larga travesía.

Pero después de haber doblado las islas Orcadas, una violenta tempestad produjo el hundimiento de 19 galeones, arrastrados hasta la costa por la violencia de los elementos. El capitán del San Juan, contraalmirante Juan Martínez de Recalde, al quedar sin víveres y agua, desembarcó en las costas irlandesas, empuñando las armas e intentando de cualquier forma encontrar provisiones. Pero a pesar de haber conseguido abastecerse, hubo marineros que murieron de hambre y de sed; al regresar a España, la tripulación había quedado reducida a 18 hombres.